Facture électronique : ISAGRI veut transformer la réforme de 2026 en levier de modernisation pour les entreprises

À partir du 1er septembre 2026, toutes les entreprises assujetties à la TVA devront être en mesure de recevoir des factures électroniques. Un an plus tard, les PME, TPE et microentreprises devront également les émettre. Pour ISAGRI, cette réforme dépasse la seule conformité réglementaire et constitue une opportunité de moderniser les échanges pour les exploitations agricoles, les cabinets d'expertise comptable et les entreprises.

Une réforme qui concernera plus de 10 millions d'acteurs économiques

La généralisation de la facture électronique entre entreprises s'appliquera progressivement à partir du 1er septembre 2026. Toutes les entreprises françaises assujetties à la TVA devront alors être capables de recevoir des factures électroniques, tandis que les grandes entreprises et les entreprises de taille intermédiaire (ETI) seront également tenues d'émettre leurs factures sous ce format. À compter du 1er septembre 2027, cette obligation d'émission sera étendue aux PME, TPE et microentreprises. Plus de 10 millions d'acteurs économiques sont concernés par cette évolution réglementaire.

La réforme repose sur deux volets complémentaires : l'e-invoicing, qui concerne la dématérialisation des factures B2B entre entreprises françaises assujetties à la TVA, et l'e-reporting, destiné à transmettre à l'administration fiscale les données relatives aux opérations non couvertes par la facture électronique, notamment les ventes aux particuliers, les exportations ou certaines opérations internationales. Désormais, un simple PDF envoyé par courriel ne sera plus considéré comme une facture électronique conforme : les documents devront transiter par des Plateformes Agréées (PA), anciennement dénommées Plateformes de Dématérialisation Partenaires (PDP), chargées d'assurer la transmission, les contrôles, la traçabilité des échanges et la communication des données au Portail Public de Facturation (PPF). Près de 130 plateformes sont déjà immatriculées sous réserve.

Selon Philippe Seguin, directeur général d'ISAGRI, « La facture électronique est une évolution incontournable, mais elle ne doit pas être vécue comme une complexité supplémentaire. Bien accompagnée, elle peut devenir un véritable levier de simplification, de fiabilisation des échanges et de gain de temps pour les agriculteurs, les entreprises et les cabinets comptables. »

Un enjeu majeur pour le monde agricole

ISAGRI estime que le secteur agricole sera particulièrement concerné par cette transformation en raison de la diversité de ses activités et de ses flux administratifs. Exploitants agricoles, entreprises de travaux agricoles, coopératives, négoces, fournisseurs, entreprises du paysage et cabinets comptables utilisent aujourd'hui des modes d'échange variés, mêlant papier, PDF, courriels et saisies manuelles. La facture électronique doit permettre d'automatiser les traitements, de limiter les ressaisies, de réduire les erreurs et d'améliorer la circulation des informations au sein des outils de gestion.

Pour Cécile Neveu, responsable marketing marché d'ISAGRI, l'agriculture concentre de nombreux cas d'usage de la réforme. Une exploitation peut, selon les situations, vendre sa production à une coopérative, un restaurateur ou des particuliers, exporter ou recevoir des factures de fournisseurs français et étrangers. « Cette diversité rend le sujet particulièrement stratégique pour les exploitants », explique-t-elle. Elle souligne également que la réforme modernisera le mécanisme de l'auto-facturation, très répandu dans certaines filières agricoles, où le client établit lui-même la facture au nom du producteur. Désormais, ces documents circuleront dans le même écosystème que les autres factures électroniques, permettant aux exploitants d'en suivre la validation et le paiement.

Au-delà de la conformité, Cécile Neveu estime que cette réforme constitue aussi une évolution dans l'exploitation des données. « Nous passons progressivement d'une facture qui prouve une opération à une facture qui produit de l'intelligence économique », indique-t-elle. Selon elle, les données structurées générées par la facture électronique pourront alimenter des outils d'intelligence artificielle capables d'anticiper des tensions de trésorerie, d'identifier des dérives de coûts, de prévoir la TVA ou encore d'évaluer les risques fournisseurs et clients. Elle rappelle que le format Factur-X Extended intégrera notamment les lignes détaillées des factures, les remises, les échéances, les données logistiques ou analytiques, constituant ainsi une nouvelle infrastructure de données pour les petites entreprises.

Une évolution qui transforme aussi les métiers de la comptabilité

La réforme modifiera également le fonctionnement des cabinets d'expertise comptable. Développée par Cecurity, filiale du Groupe ISAGRI, la plateforme agréée eFacture doit permettre d'automatiser la collecte et le traitement des factures, de suivre leur statut en temps réel et d'intégrer directement les données dans les outils de production comptable.

Pour Ferdinand Chauchat, directeur général d'AGIRIS, marque du Groupe ISAGRI dédiée aux cabinets comptables et aux TPE-PME, « La facture électronique ne se résume pas à une obligation réglementaire. Pour les cabinets comptables, elle représente un accélérateur de transformation : en automatisant la collecte et en sécurisant les flux, elle libère du temps. Du temps réinvesti dans l'analyse, l'accompagnement et l'aide au pilotage. Les solutions conçues pour ces nouveaux usages, au premier rang desquelles bobbee, permettent concrètement ce repositionnement vers des missions apportant de la valeur monétisable aux entrepreneurs. »

Cécile Neveu partage cette analyse. Selon elle, les experts-comptables consacreront moins de temps à la collecte et à la saisie des pièces et davantage à l'identification des risques, au contrôle des marges ou encore à l'accompagnement des dirigeants dans leurs décisions. Pour les TPE-PME, elle estime que le principal enjeu sera d'éviter la désorganisation que pourrait provoquer une mauvaise gestion des nouveaux flux de facturation. À l'inverse, une entreprise correctement équipée disposera d'un tableau de bord facilitant le suivi des factures émises, reçues, validées, payées ou en attente.

ISAGRI mise sur une plateforme intégrée pour accompagner la transition

Créé en 1983, le Groupe ISAGRI accompagne les exploitations agricoles dans leur transformation numérique depuis plus de quarante ans. Présent dans plusieurs pays, il emploie 3 300 collaborateurs, dispose de 13 filiales internationales, réalise un chiffre d'affaires de 375 millions d'euros et revendique 150 000 clients agriculteurs ainsi que 40 000 clients cloud. Il est classé huitième éditeur français de logiciels en 2025 selon le classement EY-Numeum et figure parmi les entreprises certifiées Great Place to Work depuis dix années consécutives.

Pour accompagner la réforme, le groupe s'appuie sur eFacture, une plateforme agréée développée par Cecurity, intégrée à son écosystème de logiciels de gestion et de comptabilité. L'outil permet de gérer les obligations liées à l'e-invoicing et à l'e-reporting tout en s'intégrant aux solutions utilisées par les exploitants agricoles, les cabinets comptables et les entreprises.

Jean-Marie Savalle, président fondateur du Groupe ISAGRI, résume cette approche : « Depuis plus de 40 ans, nous transformons les obligations réglementaires en opportunités pour nos clients. La facture électronique est une révolution que nous avons choisi d'anticiper et d'accompagner pleinement. Nous faisons le pari qu'elle transformera en profondeur la performance des entreprises, en simplifiant durablement leur gestion et en libérant du temps pour l'essentiel : leur développement. »