La Cour des comptes a formulé plusieurs observations concernant le fonctionnement de la direction générale de l’enseignement supérieur et de l’insertion professionnelle (DGESIP) et de la direction générale de la recherche et de l’innovation (DGRI), deux administrations centrales rattachées au ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Espace (MESRE). Ces analyses interviennent alors que les deux directions ont engagé une démarche conjointe d’élaboration d’un projet de service à court terme.

Historiquement, les compétences liées à l’enseignement supérieur et à la recherche étaient réparties entre différents portefeuilles ministériels. L’enseignement supérieur était notamment rattaché à l’Éducation nationale, tandis que la recherche relevait alternativement de politiques industrielles ou économiques. La réunion de ces champs de compétences sous une même autorité ministérielle s’est accompagnée d’un rapprochement progressif des missions de la DGESIP et de la DGRI, accentué par la montée en puissance du rôle des universités en matière de recherche depuis la loi du 10 août 2007 relative aux libertés et responsabilités des universités.

Selon la Cour, une part importante des activités des deux directions générales est consacrée à la tutelle des opérateurs de l’enseignement supérieur et de la recherche. La DGESIP supervise à elle seule 159 opérateurs. L’institution souligne toutefois que la coordination avec les autres ministères concernés reste peu structurée et repose principalement sur des échanges informels ou sur des comités ponctuels.

La Cour observe également que les deux directions disposent de nombreux outils numériques et bases de données, mais que leur pilotage demeure fragmenté. Elle relève l’absence de feuille de route stratégique commune et de tableaux de bord centralisés, ce qui limite la capacité à anticiper les besoins en compétences, à planifier les effectifs et à orienter les politiques publiques de manière coordonnée. Elle note aussi des insuffisances dans la coordination des ressources humaines et des projets numériques.

L’institution souligne par ailleurs que les projets considérés comme prioritaires à l’échelle nationale sont insuffisamment portés par ces administrations centrales. Elle indique que les projets transversaux sont souvent confiés à l’inspection générale de l’éducation, du sport et de la recherche ou à des conseillers spécialisés. Les services communs et certains départements polyvalents, notamment dans les domaines de l’égalité, du climat ou du doctorat, rencontrent des difficultés pour coordonner l’ensemble des initiatives. Selon la Cour, cette organisation entraîne un manque de transversalité et un éclatement des priorités, avec un risque que les sujets urgents prennent le pas sur les projets structurants.

La Cour des comptes invite ainsi la DGESIP et la DGRI à dépasser les approches de gestion traditionnelles. Elle recommande un renforcement de la coordination entre les deux directions et un pilotage plus structuré des politiques publiques relevant de leurs domaines de compétence.